Namun pada sejak abad ke-17 industri-industri tersebut mulai merosot. Terlebih industri batik yang kalah pamor dengan wilayah lainnya di pulau Jawa. Alhasil para pelaku industri mulai mencari usaha lainnya yang berlabuh pada industri rokok kretek.
Mulailah pada 1870an berjamuran para pelaku industri kretek. Sejak saat itu Kudus dikenal sebagai pusat industri kretek terbesar di Indonesia, bahkan dunia.
Pada 2009 tercatat, total produksi rokok kretek di Kudus berjumlah 58,9 miliar batang dari 209 unit industri. 98,4 persennya berasal dari industri besar seperti PT Djarum dan PT Nojorono. Sisanya 17 unit industri menengah dan 173 unit industri kecil rumahan
Hampir seluruh wilayah Kudus sudah penuh sesak oleh industri kretek. Hanya Kecamatan Undaan yang terdapat 1 usaha kretek saja.
Kudus juga penyumbang PPN industri kretek terbesar dari seluruh industri ini yakni 98,73 persen dari total penerimaan PPN industri kretek sebesar Rp2,97 triliun. Sementara untuk cukai pada 2008 Kudus menghasilkan cukai hasil tembakau sebesar Rp13,57 triliun.
Ditahuh yang sama, Kudus juga mampu mencatatkan nilai ekspor kretrek sebesar USD66,84 juta.
Kediri