Soekarno menginginkan dibangun di Lapangan Wilhelmina di mana terletak bangunan Benteng Prince Frederik yang tidak terurus. Lokasinya di sekitar Lapangan Banteng, tidak jauh dari Istana Merdeka. Letak itu sesuai dengan konsep tata kota tradisional pada masa kerajaan Islam, terutama di Jawa, di mana pusat kekuasaan politik dan agama saling berdekatan.
Namun, penafsiran berbeda menganggap Taman Wilhelmina sebagai representasi kolonialisme Belanda di Indonesia. Sementara Wakil Presiden RI saat itu, Mohammad Hatta, mengusulkan Jalan Mohammad Husni Thamrin sebagai lokasi pembangunan Masjid Istiqlal. Dengan pertimbangan dekat dengan lingkungan masyarakat muslim di Tanah Abang dan sekitarnya. Pada akhirnya, usulan lokasi Soekarno yang terpilih. Pada tanggal 24 Agustus 1961, bertepatan dengan peringatan Maulid Nabi, tiang pancang pertama pembangunan Mesjid Istiqlal dimulai.
Simbol Kebhinekaan dan Toleransi
Pemberian nama Masjid Istiqlal diambil dari bahasa Arab yang berarti “merdeka”. Bagi bangsa Indonesia, kata merdeka adalah sebuah antitesa dari pengalaman kolektif masa lalu sebagai bangsa yang pernah dijajah kolonialisme Belanda. Merdeka dalam konsepsi Soekarno juga berarti membebaskan bangsa dari penjajahan gaya baru dalam bentuk “Neokolim” (Neo kolonialisme & Imperialisme).
Dengan penamaan ini maka Soekarno ingin menyampaikan pesan bahwa umat Islam di Indonesia adalah fondasi penting dalam mewujudkan cita-cita kemerdekaan. Lokasi Masjid Istiqlal juga sengaja dipilih oleh Soekarno di depan Gereja Katedral yang sudah lebih dahulu berdiri di Lapangan Banteng sejak 1828.