Berikut merupakan jajaran direksi Pelindo III sebelumnya:
1. Direktur Utama : I Gusti Ngurah Ashkara Danadiputra
2. Direktur Komersial dan Operasional : Mohammad Iqbal
3. Direktur Teknik dan TIK : Husein Latief
4. Direktur SDM dan Umum : Toto Heliyanto
5. Direktur Keuangan : U. Saefudin Noer