Mengutip Perka Nomor 1 Tahun 2022 Bab II Pasal 4 tentang Susunan Organisasi, Badan Otorita terdiri dari Sekretariat IKN Nusantara, Deputi Bidang Perencanaan dan Pertanahan, Deputi Bidang Pengendalian Pembangunan, Deputi Bidang Sosial, Budaya, dan Pemberdayaan Masyarakat.
Selanjutnya juga terdapat Deputi Bidang Transformasi Hijau dan Digital, Deputi Bidang Lingkungan Hidup dan Sumber Daya Alam, Deputi Bidang Pendanaan dan Investasi, Deputi Bidang Sarana dan Prasarana, serta Unit Kerja Hukum dan Kepatuhan.
(Feby Novalius)