3. Trayek T-3 : Dioperasikan PT. ASDP dengan KM. MELINDA 01
Tanjung Perak – Belang Belang – Sangatta – Nunukan – Pulau Sebatik (Sungai Nyamuk) – Tanjung Perak.
4. Trayek T-4 : Dioperasikan PT. PELNI dengan KM. LOGISTIK NUSANTARA I
Tanjung Perak – Makassar – Tahuna PP (Kapal Utama)
Dioperasikan PT. PELNI dengan KM. KENDHAGA NUSANTARA:
Tahuna – Kahakitang – Buhias – Tagulandang – Biaro – Lirung – Melangoane – Kakorotan –Miangas – Marore – Tahuna (Kapal Penghubung)
5. Trayek T-5 : Masih proses lelang
Tanjung Perak – Makassar – Tobelo – Tanjung Perak (Kapal Utama )
Tobelo – Maba – P.Gebe – Obi – Sanana – Tobelo (Kapal Penghubung)
6. Trayek T-6 : Dioperasikan PT.PELNI dengan KM. LOGISTIK NUSANTARA 2
Tanjung Perak – Tidore – Morotai – PP.
7. Trayek T-7 : Dioperasikan oleh PT. Mentari Sejati Perkasa.
Tanjung Perak – Wanci – Namlea – Tanjung Perak.
8. Trayek T-8 : Masih proses lelang
Tanjung Perak – Biak – Tanjung Perak (Kapal Utama)
Biak – Oransbari – Waren – Teba – Sarmi – Biak (Kapal Penghubung)
9. Trayek T-9 : Dioperasikan PT. TEMAS LINE.
Tanjung Perak – Nabire – Serui – Wasior – Tanjung Perak.
10. Trayek T-10 : Masih proses lelang
Tanjung Perak – Fak Fak – Kaimana – Tanjung Perak.
11. Trayek T-11 : Dioperasikan PT. TEMAS LINE
Tanjung Perak – Timika – Agats – Marauke – Tanjung Perak (Kapal Crossing).
12. Trayek T-12 : Dioperasikan PT. Meratus Line.
Tanjung Perak – Saumlaki – Dobo – Tanjung Perak.
13. Trayek T-13 : Dioperasikan PT. PELNI dengan KM. LOGISTK NUSANTARA 3
Tanjung Perak – Kalabahi – Moa – Rote (Ba’a) – Sabu (Biu) PP.
14. Trayek T-14 : Dioperasikan PT. PELNI dengan KM. LOGISTIK NUSANTARA 4
Tanjung Perak – Loweleba – Adonara – Larantuka PP.
15. Trayek T-15 : Dioperasikan PT.PELNI dengan KM. CARAKA JAYA NIAGA III-32
Tanjung Perak – Kisar (Wonreli) – Namrole PP.
(Kurniasih Miftakhul Jannah)