Terdapat lima faktor yang menyebabkan cacat mutu pada biji kopi. Seperti yang dijelaskan oleh Kementerian Pertanian, sebagai berikut.
1. 13,48 % berlubang karena hama bubuk buah,
2. 36,94% warna hitam karena dipetik selagi muda,
3. 7,85% pecah karena huller yang kurang tepat,