Dengan jarak enam kilometer, perjalanan dari Stasiun Wojo dapat ditempuh selama 10 hingga 12 menit. Jadwal perjalanan KA Bandara Internasional Yogyakarta berangkat pukul 10.40 di Stasiun Maguwo, pukul 10.52 di Stasiun Yogyakarta, pukul 11.15 di Stasiun Wates dan tiba di Stasiun Wojo pukul 11.26.
Kemudian, dari Stasiun Wojo berangkat pukul 14.04, Stasiun Wates 14.47, Yogyakarta 14.46 dan tiba di Stasiun Maguwo pukul 14.55
Edi mengatakan jadwal dari KA Bandara ini dapat bertambah dengan menyesuiakan jadwal penerbangan di Bandara Internasional Yogyakarta.
Baca Juga: Tes Bandara Internasional Yogyakarta, Menteri Rini: Halus
Selain itu, rute KA Bandara Internasional Yogyakarta ini juga merupakan rute sementara sambil menunggu pembangunan jalur KA dari Stasiun Kedundang menuju Stasiun Bandara Internasional Yogyakarta selesai. Jika sudah selesai, penumpang dapat langsung turun di Bandara, tanpa perlu berpindah moda.
Dalam rangka meningkatkan minat masyarakat menggunakan angkutan KA Bandara Internasional Yogyakarta, KAI memberikan tarif promo sebesar Rp15.000 untuk keberangkatan 6-9 Mei 2019.