Sayangnya, perbaikan yang dilakukan tidak diikuti dari sisi keuangan. Rapor keuangan burung pelat merah pada kala itu justru mencetak kerugian. Pada tahun buku 2014, Garuda Indonesia mengalami kerugian sebesar USD371,9 juta atau sekitar Rp4,87 triliun (kurs Rp13.100 per USD). Padahal pada tahun 2013, Garuda meraup laba hingga USD13,583 juta atau setara Rp176,85 miliar.
Namun sebelum program Quantum Leap 2011 – 2015 mencapai garis finish, secara mengejutkan pria berdarah Minang tersebut mengajukan pengunduran diri pada 11 Desember 2014. Sementara masa jabatannya berakhir pada Maret 2015.
Baca Juga : Resign dari Garuda, Emirsyah Ingin Jadi Wartawan
Surat pengunduran diri dipublikasikan melalui surat keterbukaan Bursa Efek Indonesia tertanggal 11 Desember 2012 dengan nomor surat Garuda/JKTDI/20348/14 dan akan diberlakukan mulai 12 Desember 2014.
Baca Juga : Dikabarkan Jadi Menteri, Dahlan Cari Pengganti Emirsyah Satar & Nur Pamuji
Emirsyah tidak sendiri menjadi pesakitan berompi oranye. KPK juga menetapkan Direktur Teknik dan Pengelolaan Armada PT Garuda Indonesia (Persero) Tbk 2007-2012 Hadinoto Soedigno (HDS) sebagai tersangka baru kasus suap Garuda. Tidak hanya itu, Beneficial Owner Connaught International Pte. Ltd Soetikno Soedarjo (SS) pun terseret sebagai tersangka.