Namun, ternyata membangun sebuah proyek raksasa dengan kapasitas 9.000 Mega Watt (MW) tidaklah gampang. Lihat saja dari sisi investasi PLTA Sungai Kayan butuh USD22,5 miliar atau setara Rp315 triliun.
Terkait masalah investasi sudah teratasi, yakni selain melibatkan swasta PT. Kayan Hydro Energy (KHE) juga hadir BUMN dalam proyek pembangunan fisik bendungan, yakni PT. Waskita Karya (Persero) dan PT. Hutama Karya (Persero).
Sedangkan lahan yang harus dibebaskan mencapai 12.000 Ha sehingga butuh kajian mendalam serta proses perizinan melibatkan berbagai pihak.
Belum masalah ekologis serta sosial ekonomi bahkan budaya karena diperkirakan pembangunan bendungan akan menenggelamkan beberapa desa serta ratusan jiwa harus direlokasi.
Diperkirakan ratusan warga Desa Long Peleban dan Desa Long Lejuh, Kecamatan Peso, Kabupaten Bulungan harus direlokasi ke wilayah permukiman baru.
Kedua desa seluas 619 hektare yang ditempati sekitar 800 jiwa itu masuk wilayah pembangunan bendungan. Pemukiman pada dua desa itu segera direlokasi sebelum tujuh tahun tahap pertama pembangunan bendungan.