Sebagai informasi, Rusli dilahirkan di Gorontalo, 6 Juni 1963. Ia adalah anak ketiga dari delapan bersaudara dari pasangan suami istri Hamzah Habibie dan Marie Sidiki. Ayah Rusli adalah seorang guru dan petani.
Rusli mengenyam pendidikan di Sekolah Dasar Negeri Tamalate (1971–1976). Semasa SD, ia termasuk murid bandel, tetapi selalu ditunjuk menjadi ketua kelas karena dianggap disiplin. Ia lalu belajar di Sekolah Menengah Pertama Negeri Kabila (1976–1979), dan SMA Tri Dharma Gorontalo (1979–1982). Setamat SMA, ia ingin menjadi polisi. Namun, ia gagal dua kali mengikuti tes masuk Akademi Angkatan Bersenjata Republik Indonesia (AKABRI).
Pada 1984, ia diterima berkuliah di Sekolah Tinggi Kesejahteraan Sosial (STKS) Bandung. Ia menetap di rumah pamannya, Bacharuddin Jusuf Habibie, yang ketika itu menjabat Menteri Riset dan Teknologi Indonesia.Rusli lulus meraih gelar Doktorandus dari STKS Bandung pada 1992.
Pada 2009, ia mengambil kuliah Pascasarjana S-2 Ilmu Administrasi di Sekolah Tinggi Ilmu Administrasi Lembaga Administrasi Negara Makassar dan lulus meraih gelar Magister Administrasi Publik pada 2011.