Awalnya, struktur kepemilikan saham perusahaan terdiri atas Asia Pacific Nickel Pty Ltd (APN Pty Ltd) sebesar 75 persen dan PT Antam Tbk sebesar 25 persen. Namun, sejak 2008, Antam mengakuisisi seluruh saham APN Pty Ltd, sehingga kendali penuh Gag Nikel berada di tangan Antam
Lebih lanjut, Menteri ESDM juga membantah kabar bahwa aktivitas pertambangan Gag Nikel berlangsung di Pulau Piaynemo yang menjadi salah satu ikon pariwisata Raja Ampat. Menurut dia, penambangan dilakukan di Pulau GAG, yang jaraknya kurang lebih 30-40 km dari Pulau Piaynemo.
"Aktivitas pertambangan dilakukan di Pulau GAG dan bukan Piaynemo seperti yang diperlihatkan di beberapa media yang saya baca. Saya sering ke Raja Ampat, Pulau Piaynemo dengan Pulau GAG itu kurang lebih sekitar 30 km sampai dengan 40 km. Wilayah Raja Ampat itu betul menjadi wilayah pariwisata yang kita harus lindungi," kata Bahlil.