Setelah badan tersebut bergabung menjadi Otoritas Jasa Keuangan (OJK), ia menjadi pegawai yang diperbantukan di Badan Kebijakan Fiskal (BKF) pada tahun 2013. Pada November 2013, dilantik sebagai Staf Ahli Menteri Keuangan bidang Kebijakan dan Regulasi Jasa Keuangan dan Pasar Modal.
Pada tanggal 3 Juli 2017, Isa diangkat menjadi Direktur Jenderal Kekayaan Negara yang bertugas melaksanakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan di bidang barang milik negara, kekayaan negara yang dipisahkan, penilaian, penagihan negara dan lelang sesuai dengan peraturan perundang-undangan.
Adapun pada 12 Maret 2021, Isa dilantik menjadi Direktur Jenderal Anggaran yang membidangi pengelolaan keuangan negara.
(Taufik Fajar)