Stefano Lilipaly memulai debut profesionalnya bersama tim utama FC Utrecht pada musim 2011–2012.
Namun, pertandingan perdananya tak berakhir manis, setelah Utrecht harus menelan kekalahan tipis 1-0 dari FC Groningen.
Dengan jumlah tampil bermain yang minim dimana hanya empat kali bermain sepanjang musim, Stefano Lilipaly memutuskan untuk berlabuh di Almere City FC, selama dua musim ia sempat mengisi berbagai posisi, mulai dari bek sayap, gelandang bertahan, hingga gelandang tengah.
Pada Maret 2014, Lilipaly melanjutkan kariernya di kawasan Asia, bergabung dengan klub J-League, Hokkaido Consadole Sapporo.
Meski sempat mencuri perhatian dengan satu assist di laga Emperor’s Cup melawan Tonan Maebashi, kesempatan tampilnya sangat terbatas, hanya mencatatkan satu kali bermain.
Hingga pada 2013, Stefano resmi menjadi Warga Negara Indonesia (WNI).
Sebelumnya, eks pemain Persija Jakarta itu sempat berharap bisa mempertahankan kewarganegaraan ganda yakni Belanda dan Indonesia.
Namun, akhirnya memutuskan untuk melepas statusnya sebagai warga negara Belanda demi dapat membela tim nasional Indonesia.
(Taufik Fajar)