Fasilitas stasiun di Pegangsaan Dua juga relatif sama dengan stasiun lainnya. Seperti loket penjualan tiket, gerbang tiket otomatis, mesin pembelian tiket otomatis, toilet umum yang nyaman dan bersih, ruang kesehatan, area ritel, lift, eskalator, musala, dan ruang menyusui.
Tersedia pula fasilitas penunjang didalam kereta seperti, bangku prioritas (priority seat) untuk penyandang disabilitas, orang tua, ibu hamil, anak-anak dan area kosong untuk meletakan barang bawaan, sepeda lipat atau kursi roda. Juga ada area park and ride, untuk kendaraan mobil, motor, dan sepeda.
(Feby Novalius)