Setelahnya, perusahaan sempat menjadi perusahaan konglomerasi terbesar kelima di Indonesia. Perusahaan ini tidak terlalu bergantung pada utang luar negeri, sehingga tidak terdampak krisis keuangan yang menimpa Indonesia pada akhir dekade 1990-an.
Gudang Garam ini juga mampu menghadapi berbagai tantangan, seperti kehadiran BPPC yang pernah memengaruhi produksinya pada awal dekade 1990-an. Dan pada milenium baru, tepatnya di 2001, perusahaan telah memiliki enam pabrik dengan total luas 100 hektare dan mempekerjakan lebih dari 40.000 orang pekerja.
Di tahun 2017, perusahaan ini menguasai sekitar 21% pangsa pasar rokok nasional, dengan pabrik di Kediri, Sumenep, Karanganyar, dan Gempol.