Lebih jauh, dirinya menyoroti tantangan lingkungan lain seperti banjir dan penurunan permukaan air tanah (land subsidence), khususnya di Jakarta. AHY menyebut bahwa penurunan permukaan tanah di ibu kota bisa mencapai 10–15 cm setiap tahun, yang berpotensi menimbulkan bencana lingkungan lebih luas.
Menurutnya, pembangunan sistem perlindungan pantai (coastal protection) sangat penting karena puluhan juta penduduk tinggal di pesisir utara Jawa.
"Kawasan-kawasan ekonomi khusus yang ada di sekitar pantai utara Jawa, dari Jakarta, Banten, Jawa Barat, Jawa Tengah, hingga Jawa Timur ini harus kita lindungi," tegas Menteri AHY.