Selain memastikan ketersediaan air, Kementerian PU membangun infrastruktur pengendalian banjir untuk menjaga kawasan pertanian dari genangan. Hingga kini, kemajuan pembangunan Paket I mencapai 39,02 persen, sedangkan Paket II mencapai 36,65 persen.
Infrastruktur pengendalian banjir dinilai penting karena kawasan Wanam memiliki karakter lahan rawa. Pengelolaan air di kawasan tersebut tidak hanya berkaitan dengan memasok air saat musim kering, tetapi juga mengendalikan kelebihan air ketika curah hujan meningkat.
Di sektor konektivitas, Direktorat Jenderal Bina Marga membangun Jalan KSPP Wanam–Muting. Jalan tersebut diharapkan memperlancar pengangkutan pupuk, benih, alat pertanian, dan hasil panen sekaligus menekan biaya logistik.
Pembangunan Jalan KSPP Wanam–Muting Segmen I mencatat kemajuan 3,59 persen, melampaui target rencana sebesar 1,30 persen. Meskipun konstruksi masih berlangsung, sepanjang 58 kilometer ruas jalan telah dapat dilalui kendaraan.
Adapun pembangunan Segmen II telah mencapai 10,06 persen. Dari target jalan sepanjang 80 kilometer, sekitar 50 kilometer trase telah dibuka.
Pembangunan di Wanam merupakan bagian dari pelaksanaan Instruksi Presiden Nomor 14 Tahun 2025 tentang Percepatan Pembangunan Kawasan Swasembada Pangan, Energi, dan Air Nasional. Kawasan ini diproyeksikan menjadi salah satu sentra pangan baru di Indonesia timur.