Namun, dalam operasionalnya listrik yang dihasilkan tidak disalurkan secara khusus ke wilayah tertentu, melainkan masuk ke sistem interkoneksi Jawa-Bali untuk menjaga keseimbangan pasokan listrik nasional.
Air yang digunakan untuk menggerakkan turbin berasal dari Telaga Menjer yang memperoleh pasokan dari mata air dan anak Sungai Serayu. Air kemudian dialirkan melalui terowongan bawah tanah sepanjang sekitar 3 kilometer menuju telaga sebelum diteruskan melalui pipa pesat sepanjang sekitar 2,3 kilometer menuju turbin pembangkit.
Menurut Wasis, satu unit turbin membutuhkan debit air sekitar 8 meter kubik per detik untuk beroperasi secara optimal. Pada musim kemarau, debit air cenderung menurun sehingga pola operasi pembangkit disesuaikan dengan kebutuhan sistem, terutama untuk mendukung pasokan saat beban puncak. Sementara pada musim hujan, pembangkit dapat beroperasi secara lebih optimal karena ketersediaan air yang melimpah.
Di sisi lain, pengelolaan PLTA Garung juga menghadapi tantangan karena sebagian peralatan mekanikal dan instrumen masih merupakan produk era 1980-an. Kondisi tersebut membuat sejumlah suku cadang semakin sulit diperoleh sehingga diperlukan berbagai inovasi dan modifikasi oleh tim engineering agar pembangkit tetap beroperasi secara andal.
"Kami terus melakukan inovasi terhadap sejumlah peralatan. Ketika suku cadang sudah sulit didapat, kami melakukan modifikasi dengan tetap mempertahankan fungsi dan standar operasionalnya sehingga pembangkit tetap andal beroperasi," kata Wasis.
Selain tantangan teknis, perubahan kondisi lingkungan juga menjadi perhatian. Berkurangnya tutupan hutan dan meningkatnya alih fungsi lahan menyebabkan sedimen serta sampah lebih mudah terbawa aliran air menuju waduk saat musim hujan.