Ditegaskan dalam PP ini, Kepala Badan Pengusahaan Kawasan Perdagangan Bebas dan Pelabuhan Bebas Batam dijabat ex–officio oleh Wali Kota Batam, yang harus memenuhi syarat: a. tidak sedang menjalankan masa tahanan; atau b. tidak berhalangan sementara, sesuai dengan ketentuan Peraturan Perundangundangan di bidang Pemerintahan Daerah.
“Dewan Kawasan Perdagangan Bebas dan Pelabuhan Bebas Batam menetapkan Wali Kota Batam yang memenuhi persyaratan sebagaimana dimaksud sebagai Kepala Badan Pengusahaan Kawasan Perdagangan Bebas dan Pelabuhan Bebas Batam sesuai dengan ketentuan Peraturan Perundang-undangan,” bunyi Pasal 2a ayat (1c) PP ini.
Masa jabatan Kepala Badan Pengusahaan Kawasan Perdagangan Bebas dan Pelabuhan Bebas Batam, menurut PP ini, mengikuti ketentuan Undang-Undang tentang Kawasan Perdagangan Bebas dan Pelabuhan Bebas dan Undang-Undang tentang Pemerintahan Daerah.
Menurut PP ini, dalam hal Wali Kota Batam tidak memenuhi syarat sebagaimana dimaksud, tugas dan wewenang Kepala Badan Pengusahaan Kawasan Perdagangan Bebas dan Pelabuhan Bebas Batam dilaksanakan oleh Wakil Kepala Badan Pengusahaan Kawasan Perdagangan Bebas dan Pelabuhan Bebas Batam.