Salah satu tugas pentingnya adalah kembali mendapatkan dukungan dari Dana Moneter Internasional dan komunitas negara-negara donor untuk program pemulihan ekonomi.
Dia juga membebaskan para tahanan politik dan mengurangi kontrol pada kebebasan berpendapat dan kegiatan organisasi.
Pada era pemerintahannya yang singkat, dia berhasil memberikan landasan kokoh bagi Indonesia. Pada eranya, dilahirkan UU Anti-Monopoli atau UU Persaingan Sehat, perubahan UU Partai Politik, dan yang paling penting adalah UU Otonomi Daerah.
Melalui penerapan UU Otonomi Daerah inilah gejolak disintegrasi yang diwarisi sejak era Orde Baru berhasil diredam dan akhirnya dituntaskan pada era Presiden Susilo Bambang Yudhoyono. Tanpa adanya UU Otonomi Daerah, bisa dipastikan Indonesia akan mengalami nasib sama seperti Uni Soviet dan Yugoslavia.
Pengangkatan BJ Habibie sebagai presiden menimbulkan berbagai macam kontroversi bagi masyarakat Indonesia.
Pihak yang pro menganggap pengangkatan Habibie sudah konstitusional.
Pemerintahan Habibie mendapat kritik keras karena memperbolehkan diadakannya referendum provinsi Timor Timur, yang sekarang menjadi Timor Leste.